Em depoimento em um dos processos da Operação Carne Fraca, o veterinário Flávio Cassou apontado como o homem da JBS no esquema, confessou que pagou propina a fiscais do Ministério da Agricultura e a políticos, principalmente a nomes ligados ao PMDB. Segundo ele, os repasses eram feitos mensalmente por ordem da matriz da empresa de Joesley Batista. Cassou está preso preventivamente na carceragem da Superintendência da Polícia Federal em Curitiba. Ele foi ouvido pelo juiz federal Marcos Josegrei, da décima quarta vara federal de Curitiba. Entre os principais beneficiários das propinas estavam o ex-Superintendente Regional do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, Daniel Gonçalves, a ex-chefe do Serviços de Inspeção de Produtos de Origem Animal, Maria do Rocio Nascimento e o fiscal agropecuário Renato Menon. Cassou afirmou que anotava o dinheiro que entregava em uma agenda e que os valores eram destinados todos os meses aos agentes.

A prática de pagamento de propina teria começado em 2008. Segundo Cassou, parte da vantagem indevida de R$ 20 mil entregue a Daniel Gonçalves, que ocupou o cargo de superintendente entre 2007 e 2016 no Ministério da Agricultura, era repassada a um deputado do PMDB do Paraná. Os políticos do partido seriam responsáveis pela indicação do superintendente em Brasília. Gonçalves é apontado como líder no esquema de corrupção investigado na Carne Fraca.

O deputado federal paranaense Osmar Serraglio, do PMDB do Paraná, flagrado em grampo telefônico numa conversa com Gonçalves Filho, afirmou anteriormente que o nome do superintendente foi chancelado pela bancada do PMDB, mas nega ter sido o responsável pela indicação. O deputado federal Sérgio Souza do PMDB do Paraná também é citado em grampos da Carne Fraca suspeito de ter recebido dinheiro de Daniel Gonçalves. A assessoria do deputado afirmou em nota que ele irá se manifestar somente depois de ter acesso ao conteúdo do depoimento do veterinário. A última ação penal decorrente da operação Carne Fraca está em fase de conclusão dos depoimentos das testemunhas. Até o dia 19 todas devem ter sido ouvidas em audiências na 14.ª Vara Federal. Ao todo são 60 réus em seis ações penais instauradas. Segundo as denúncias da Operação Carne Fraca, os fiscais recebiam propinas e alimentos. Em troca, eles assinavam todos os certificados sem fazer verificação alguma nas empresas. Após a operação, em março deste ano, uma fiscalização extraordinária do Ministério constatou a inobservância dos parâmetros necessários previstos em regulamentação.